Resmi tutanaklara göre, 3 Ocak 2003’te gece görüş kameraları, İran’dan Türkiye’ye yasadışı geçiş yapan bir grubu tespit etti. Saat 04.50’de sözlü olarak yapılan dur ihtarına uymayan grup kaçtı ve askerler ateş açmıştı. Saat 5.30’da olay yerine giden askerler, yerdeki kan izlerini takip ederek grubun beş üyesini yakaladı; attan düşen İsa Güzüpek’e yaklaştıklarında bacağının arkasından vurulmuş olduğunu ve çoktan yaşamını kaybettiğini fark etti. Grubun, İran’dan at sırtında dizel yakıt kaçakçılığı yaptığı tespit edildi. Ancak, üç asker tarafından el yazısıyla düzenlenen bir başka tutanakta askerlerin grubu saat 05.00’da yakaladıkları yer aldı.
Saray Cumhuriyet Savcılığı’nca soruşturma başlatıldı. Askeri yetkililer savcıya olay yerinin İran sınırına altı kilometre, en yakın tren istasyonuna ise 450 metre olduğunu bildirdi. Savcı, olay yerinin yakınındaki istasyonda çalışan dört kişinin ifadesini aldı. Bu kişiler saat 01.30 ile 02.00 arasında iki kez silah sesi duyduklarını, dışarı çıktıklarında terk edilmiş binaların yanında askerleri gördüklerini ve istasyona geri döndüklerini, saat 03.30 ile 04.00 arasında bir kez daha silah sesleri duyduklarını, tekrar dışarı çıkıp baktıklarında aynı yerde yine askerleri gördüklerini söyledi.
Yakalananlardan biri ifadesinde, gece yarısı sınırı geçtiklerini, sabah 3.30 ile 04.00 arasında terk edilmiş binaların önüne geldiklerini, burada askerlerin ateş açıldığını, İsa Güzüpek’in vurulduğunu, askerlerin daha sonra terk edilmiş binaların arkasından çıkarak kendilerini yakaladığını ve sabaha kadar orada tuttuğunu beyan etti. 8 Ocak 2003’de olay yerine tekrar giden savcı, olay yeri ile sınır arasındaki mesafeyi 3.970 metre olarak ölçtü. Ardından dosyayı görevsizlik kararıyla askeri savcılığa gönderdi.
Askeri savcılık, 21 Ekim 2003’te ateş ettiğini kabul eden dört asker hakkında iddianame düzenlendi. Van Askeri Mahkemesi ise sanıkların üçünün askerlik görevini tamamladıkları gerekçesiyle 9 Aralık 2003’te dosyayı Van Ağır Ceza Mahkemesine gönderdi. Yargılama sonucunda Van Ağır Ceza Mahkemesi 19 Ekim 2005’te, sanıkların silahlarını kullanırken yetki sınırları içinde davrandıkları kabul edilerek ceza verilmesine yer olmadığına karar verildi. Karara karşı yapılan itiraz sonucunda Yargıtay, beraat kararı verilmesi gerektiğini ifade ederek kararı onadı. Onama kararı sonrasında AİHM’e başvuruldu. AİHM, başvuruyu süre aşımı nedeniyle kabul edilemez buldu.
Güzüpek’in yakınları 2 Temmuz 2003’te Van İdare Mahkemesinde Milli Savunma Bakanlığı’na karşı tazminat davası açtı. 20 Eylül 2004’te mahkeme, bakanlığın herhangi bir kusurunun bulunmadığı gerekçesiyle tazminat talebini reddetti. Karara karşı yapılan itiraz ise reddedildi.
