2009 yılının başında, İran sınırına yakın kamplardaki örgüt mensuplarının kaçakçıların arasına karışarak Türkiye’ye gireceğine dair istihbarat gerekçe gösterilerek Van ilinin Başkale ilçesindeki bazı sınır kesimleri birinci derece yasak askeri bölge ilan edilmiş, komşu köylere bu kesimlere sivillerin girmesinin yasak olduğu bildirilmişti.
11 Mart 2009 tarihinde akşamüzeri, İran sınırından yaklaşık altı kilometre içeride, termal kameralarla büyük bir atlı grubun yasadışı geçiş yaptığı gözlemlenmesi üzerine iki taburdan havan atışı yapıldı. Atışlar sonucunda gruptan bir kişi ağır yaralandı, Murat Yılmaz ise hayatını kaybetti. Atış yapılmadan önce grubun örgüt üyesi veya silahlı olduğuna veya somut tehlike oluşturduğuna ilişkin bir tespit bulunmuyordu.
Olay sonrasında İHD tarafından, araştırma inceleme raporu yayınladı. Raporda, Murat Yılmaz’ın tüm görgü tanıklarının aktarımına göre, askerlerce açılan ateş sonucu vurularak hayatını kaybettiği belirtildi.
Murat Yılmaz’ın da aralarında bulunduğu, sınırı yasadışı olarak geçtiği gözlemlenen gruba ateş açan taburlardan birindeki (Koçdağı Karakolu) askerlerin ifadeleri, hiyerarşik üstleri olan piyade komutanı tarafından alındı. İfadeleri alan piyade komutanı, aynı zamanda, operasyonun planlaması ve kontrolünde bizzat yer alan, ölümcül güç kullanma emrini veren askeri görevliydi.
13 Ağustos 2009’da soruşturmayı başlatan Başkale Cumhuriyet Savcılığı yetkisizlik kararı vererek dosyayı Van Askeri Savcılığı’na gönderdi. 11 Mart 2010 tarihinde ise Van Askeri Savcılığı, dosyanın askeri operasyonlara dahil olan güvenlik görevlilerine ilişkin kişisel detaylar hakkında gizli bilgiler içerdiği gerekçesiyle dosyaya erişimin kısıtlanmasını (gizlilik kararı verilmesini) talep etti. Bu talep, 17 Mart 2010’da Van Askeri Mahkemesi’nce kabul edildi.
Soruşturmada askeri savcı, istihbarata dayanarak terörle mücadelede silah kullanma yetkisinin daha geniş yorumlanabileceğini belirterek soruşturma sonucunda, 10 Ağustos 2010’da bölgede objektif eylem kriterlerinin bulunmadığını, bu nedenle öznel değerlendirmelere başvurulduğunu ileri sürerek takipsizlik kararı verildi.
Karara karşı yapılan itiraz sonucunda 28 Eylül 2010 tarihinde Ağrı Askeri Mahkemesi, Van Askeri Cumhuriyet Savcısının daha geniş kapsamlı bir soruşturma yürütmesine karar verdi. Bu bağlamda, mahkeme, teknik uzmanlık gerektiren konularda bilirkişi raporu edinilmesi gerektiğini hatırlatarak, somut dava konusu olayların söz konusu zamandaki arazi şartlarının bütünüyle analiz edilmesini gerektirdiğini belirtti.
Askeri görevlilerden oluşan üç kişilik bilirkişi heyeti tarafından hazırlanan 10 Aralık 2010 tarihli bilirkişi raporunda, birlik komutanın verdiği emir üzerine Koçdağı ve Koru kontrol noktalarında askeri personel tarafından silah kullanılmasının, kanunla verilen yetkilere uygun olduğu sonucuna varıldı. Bölgenin coğrafi durumu, yapısı, mayınların varlığı ve mesafe göz önünde bulundurulduğunda, olası terörist grubu ateşli silah kullanmaksızın yakalamanın mümkün olmadığı belirtildi. Bilirkişi raporunda, askeriye tarafından hazırlanan olay raporlarına dayanıldı; sivillerin ifadeleri göz önünde bulundurulmadı ve sonuç olarak askeri personelin yetkileri dahilinde hareket edildiği kanaatine ulaşıldı.
27 Ocak 2011 tarihinde ise Ağrı Askeri Mahkemesi, verilen takipsizlik kararını onadı. Bunun üzerine AİHM’e başvuruldu. AİHM, verdiği kararda yürütülen soruşturmadaki eksiklikleri göz önünde bulundurarak Murat Yılmaz’ın yaşamını yitirmesi ve bir kişinin ağır yaralanmasına neden olan güç kullanımının mutlaka gerekli olanın ötesine geçmediğinin veya orantılı bir yöntem olduğunun ispat edilemediği kanaatine vardı. Türkiye’nin AİHS’in 2. Maddesinde düzenlenen yaşam hakkını usul yönünden ihlal ettiğine karar verdi.
