24 Mart 2006 tarihinde Muş, Bingöl ve Diyarbakır illeri arasında bulunan Şenyayla bölgesinde güvenlik güçleri tarafından öldürülen HPG militanları için Diyarbakır’da 28 Mart 2006 günü cenaze töreni düzenlendi. Törende F-16 uçaklarının cenazeye katılanların üstünden alçaktan uçuşu ve dönüşte polisin kalabalığa müdahalesi protestoların başlamasına yol açtı. Gösterilerin ikinci günü dönemin Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan’ın “Kadın da olsa çocuk da olsa gereği yapılacaktır” açıklaması sonrasında polisin göstericilere yönelik güç kullanımı ölümcül niteliğe evrildi ve çok sayıda kişi gözaltına alındı, işkenceye maruz kaldı, tutuklandı ve ölümler yaşanmaya başladı. Kısa sürede büyüyen gösteriler yaklaşık bir hafta sürdü.
28 Mart olaylarının ikinci gününde protestolara polisin müdahale etmeye devam etmesiyle Mustafa Eryılmaz ateşli silah nedeniyle ağır yaralandı ve kaldırıldığı Diyarbakır Dicle Üniversitesi Fakültesi Hastanesinde 31 Mart günü hayatını kaybetti.
28 Mart 2006 olaylarına ilişkin İHD bir rapor yayınladı. Rapora göre, Diyarbakır’ın ardından Mardin, Batman ve Siirt’e de yayıldı. Olaylar sırasında ilk günlerde Diyarbakır’da çoğu ateşli silah veya gaz kapsülüyle vurulan beşi çocuk 10 kişi yaşamını yitirdi, yüzlerce kişi yaralandı. Yaralananlardan bir çocuk daha ilerleyen günlerde yaşamını yitirdi. Diğer illerde de üç kişi hayatını kaybetti. Basından ve insan hakları raporlarından edinilen bilgilere göre 28 Mart 2006 olaylarında Diyarbakır, Mardin, Batman, Siirt olmak üzere toplam 14 kişi hayatını kaybetti. 4 Nisan günü bir basın toplantısı düzenleyen Diyarbakır Barosu, 199’u çocuk 543 şüpheli için avukat talebi geldiğini, 91 çocuk ve 278 yetişkinin tutuklandığını, çocuklar dahil çok sayıda kişinin gözaltı merkezlerinde fiziksel şiddet, kötü muamele ve işkenceye uğradığını açıkladı.
Mustafa Eryılmaz’ın öldürülmesine ilişkin soruşturma açıldı ancak soruşturmada bir şüpheli tespit edilemedi ve daimi arama kararı verildi. Daimi arama kararının ardından, AİHM’e başvuru yapıldı. AİHM, yapılan başvuruda kabul edilemezlik kararı verdi.
Ayrıca Mustafa Eryılmaz’ın ailesi Diyarbakır İdare Mahkemesi’nde maddi,manevi tazminat davası açtı. Ancak mahkeme, ölümün sorumluluğunu devlete yükleyecek nitelikte herhangi bir unsur bulunmadığı gerekçesiyle davayı reddetti.
